Genome Biology, 2005; 6(3): R29-R29 (más artículos en esta revista)

El Diccionario de Adultos Mouse anatómica: una herramienta para anotar y la integración de datos

BioMed Central
Terry F Hayamizu (terryh@informatics.jax.org) [1], Mary Mangan (mmangan@openhelix.com) [1], John P Corradi (john.corradi @ bms.com) [1], James A Kadin (jak @ Informatics.jax.org) [1], Martin Ringwald (ringwald@informatics.jax.org) [1]
[1] The Jackson Laboratory, 600 Main Street, Bar Harbor, ME 04609, USA
[2] Current address: OpenHelix, 65 Main Street, Somerville, MA 02145, USA
[3-5 06492, EE.UU.

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Resumen

El Diccionario de Adultos Mouse anatómica se desarrolló para proporcionar una ontología para la normalización de la nomenclatura de los términos anatómicos en el postnatal ratón. La ontología se utilizará para anotar e integrar diferentes tipos de datos relativos a la anatomía.

Motivo

Un papel importante de las bases de datos biológicos es la integración de diferentes tipos de datos. Ontologías objetivo de superar las diferencias semánticas encontradas en la recopilación de datos y la representación, proporcionando una terminología común con el fin de facilitar esta integración. Una anatomía ontología es un vocabulario estructurado de las entidades anatómicas en el que los términos tienen identidades únicas y se relacionan entre sí de manera significativa. Para muchas aplicaciones biológicas, de la anatomía ontologías son esenciales para la normalización de la descripción de los datos directamente relacionados con la anatomía, como patrones de la expresión génica y el fenotipo de la información.

La base de datos de expresión de genes (GXD) es un recurso para la expresión de genes de ratón a partir de la información [1]. GXD ha sido diseñado como un sistema abierto capaz de almacenar e integrar datos primarios de muchos tipos de ensayos de expresión, cada uno de los que se describe la expresión de genes en diferentes niveles de resolución espacial. Actualmente, ambas de Edimburgo, y GXD Mouse Atlas de expresión de genes (EMAGE) base de datos [2], lo que se refiere a la utilización de embriones de ratón Anatomía Nomenclatura base de datos [3], desarrollado por el Proyecto Atlas de Edimburgo Mouse (EMAP) para describir los patrones de expresión de genes en el desarrollo del ratón . Sin embargo, desde GXD también recopila datos de expresión génica en ratones postnatales etapas, incluida la de adultos, se hizo evidente que la extensión de GXD plenamente a la expresión de datos para describir las estructuras de los adultos que requieren el desarrollo de un vocabulario controlado más allá del ámbito de la ontología de embriones de ratón anatomía . Por lo tanto, desarrolló una ontología para la anatomía postnatal ratón.

Críticas a este esfuerzo fue la toma de conciencia de que las fuentes existentes de vocabularios controlados para la anatomía no eran suficientes para su uso con el ratón adulto, por varias razones. En primer lugar, no se ajusta bien a la estructura de la ontología de embriones de ratón anatomía de Edimburgo creado por nuestros colaboradores, un factor importante para permitir la integración planificada entre estos ontologías (ver más abajo). Humanos orientado a anatómicas ontologías se han desarrollado (por ejemplo, el Modelo Fundacional de Anatomía (FMA) [4], OpenGalen [5] y SNOMED CT [6], que abarca la medicina humana y veterinaria). En general, la complejidad de los conceptos representados por estas ontologías, cuestiones relacionadas con su accesibilidad, así como las cuestiones de importancia para el ratón, dejó en claro que ellos no son ni muy adecuado ni suficiente para nuestros objetivos. Por lo tanto, uno de nuestros objetivos es seguir el marco básico de la ontología de desarrollo, al mismo tiempo que aprovechan la gama de otros recursos disponibles.

Otra consideración importante que participan determinación de la estructura jerárquica y el formato de la ontología. Nuestra experiencia con la ontología de desarrollo dejó en claro que un mecanismo para proporcionar alternativas jerarquías sería un factor crítico. En consecuencia, los adultos Mouse Diccionario Anatómico está estructurado como un gráfico acíclico dirigido (DAG) en el que un término anatómico puede ser representado como un niño de más de un padre plazo jerárquica utilizando los dos es-un y parte-de las relaciones. La ontología es organizada jerárquicamente en tanto espacial y funcional de los medios, y contiene más de 2400 términos anatómicos única para el postnatal ratón. Como GXD es parte de los más grandes del genoma del ratón Informática (MGI), la ontología también se utilizará para anotar otros tipos de datos relativos a la anatomía del ratón adulto con el fin de proporcionar una descripción integral de una amplia gama de fenómenos biológicos en el ratón.

El desarrollo de una ontología para la anatomía del ratón adulto
Términos anatómicos

GXD tiene una amplia experiencia con el ratón Embrión Anatomía Nomenclatura base de datos, disponible a través de Theiler Etapa (TS) 26, que es utilizado por GXD y EMAGE para describir los patrones de expresión de genes de desarrollo. Sobre la base de nuestra anotación trabajo, que sigan contribuyendo a esta ontología, en forma de ampliaciones y modificaciones, y por la adición de sinónimos. En consecuencia, una pronta objetivo era asegurar que la anatomía de la ontología postnatal (TS 28) ratón corresponde en la mayor medida posible, tanto en su contenido como en su estructura, con el desarrollo de la ontología. Esto se hizo para la coherencia de nomenclatura, ya que se conocen y de la confianza en la utilidad de este formato, y para facilitar la futura integración de estas ontologías. Eventualmente, el objetivo es combinar e integrar las ontologías a generar una ontología anatomía que cubra todo el ciclo de vida de los ratones de laboratorio.

Con el desarrollo de la ontología como su marco, el esfuerzo se centró en la recopilación de una extensa lista de términos anatómicos para el postnatal ratón. La lista se basa en un gran número de fuentes, incluyendo ratón atlas, así como la anatomía y la histología texto recursos [7 - 22]. En su mayor parte, la preferencia es centrarse en los que eran específicos de ratón. Sin embargo, otros que eran más generales, sin embargo, fueron muy valiosos. El formato de atlas no referencias son especialmente útiles en los esfuerzos para perfeccionar los detalles anatómicos e histológicos.

Una vez que la lista de términos básicos se habían generado, nos confirma que cada término en la lista inicial efectivos ratón estructuras. Estas determinaciones fueron generalmente claro, pero a veces ambiguo. Por ejemplo, de numerosas estructuras descritas en los manuales de anatomía e histología, claro no se encontraron pruebas documentadas de su existencia en el ratón. En consecuencia, estos no se han incluido en la ontología. Además se está trabajando para garantizar la exactitud. Se prestó una atención cuidadosa a la validación de cada término, con el requisito de dos o más fuentes fiables siempre que sea posible. Coincidiendo con el libro de texto basado en la identificación de lo que fue el esfuerzo de ampliar el vocabulario de los datos de la investigación usando un enfoque impulsado. Este método incluyó una amplia evaluación de la literatura publicada a la investigación biomédica, así como los datos con los atributos anatómicos que se han recogido en las bases de datos científicas. Por ejemplo, varios conjuntos de datos específicos de ratón [23 - 26] se utilizaron como recursos pertinentes para encontrar términos anatómicos. El MGI lista de todos los tejidos de ratón a partir de la cual las principales bibliotecas de cDNA a disposición del público que se han generado [24] incluye tipos de células y los tumores, así como conceptos de anatomía macroscópica. Las estructuras anatómicas finalmente se convierten utilizando términos de los adultos Mouse Diccionario Anatómico. El enfoque impulsado por los datos es especialmente útil en la determinación del nivel de granularidad (es decir, el nivel de detalle de resolución espacial) que se espera que exigen los usuarios de la ontología.

Una consideración adicional en la determinación del contenido del vocabulario tenía que ver con la posibilidad de incorporar tipos de células. Si bien la información de tipo de células es un componente importante en las descripciones anatómicas, esto también introduce un nivel de complejidad que es difícil de abordar de manera adecuada. Nos pareció que sería inviable para extender la representación a nivel celular, debido a la gran cantidad requerida de los niveles jerárquicos y la hoja de nodos. Por lo tanto, se concluyó que la anatomía del ratón adulto ontología no contienen tipos de células, pero que tipo de células lo que se refiere a la larga se ortogonal proporcionada por el vocabulario controlado de tipos de células que se están desarrollando como parte de la Open Biológica Ontologías (OBO) esfuerzo [27 ]. Sin embargo, para que se ajusten a la ontología de desarrollo de Edimburgo, hemos incluido el tipo de tejido términos como epitelio y mesenchyme, así como se definen las estructuras de tipo de células, como células purkinje capa. Además, también hemos optado por incluir el término unfertilized los huevos y sus sinónimos.

Organización jerárquica

La anatomía ontología para el desarrollo del ratón está actualmente estructurada como una recta jerarquía. En este formato, un término anatómico puede tener sólo uno de los padres y, por lo tanto, un lugar en la jerarquía. Por ejemplo, el término fémur se coloca en la jerarquía de acuerdo a esta parte del hueso de la ubicación espacial, como una subestructura del muslo, y no como una parte del esqueleto. Por el contrario, el cerebro se describe como parte del sistema nervioso central, y no como parte de la cabeza. Sobre la base de nuestra experiencia con el desarrollo de la ontología y la previsión de las revisiones previstas para ello, hemos decidido representar la anatomía del ratón adulto ontología como DAG, en la que un determinado plazo anatómica es capaz de tener más de un padre jerárquica. Esto nos permite la flexibilidad en la organización de las jerarquías, y proporcionó un mecanismo para crear una visión más global de las relaciones entre los términos anatómicos.

Para cada uno de los términos anatómicos que se está evaluando, cualquiera de una serie de vías para acceder a un plazo que podría ser conceptualizado. Sin embargo, también pronto se hizo evidente que dos características fundamentales se podrá determinar en la mayoría de los términos: su ubicación espacial dentro de los animales y su contribución funcional como parte de un órgano del sistema. Por consiguiente, decidimos utilizar la distinción entre espacial frente a la representación del sistema de órganos como un principio de organización. Desde espacial de la parte "no en sí representan una entidad anatómica única, que no se incluyó como un nodo independiente en la ontología. Sin embargo, la división inicial de la jerarquía espacial y en los órganos componentes del sistema es inmediatamente evidente en el primer nivel de subestructuras debajo del nodo raíz, TS28. Como se muestra en la figura 1, este nivel es predominantemente espacial compuesto por partes: por ejemplo cuerpo, el cuerpo cavidad / forro, la cabeza / cuello, las extremidades y la cola. En consecuencia, los términos definidos por estas superestructuras son principalmente organizados de acuerdo a la localización espacial. En cambio, la otra rama de la jerarquía se indica por medio de la superestructura órganos y sistemas, donde el anatómica términos están organizados, en lo posible, en función de sus respectivas contribuciones a un determinado sistema funcional.

Actualmente, la distinción entre las relaciones espaciales y funcionales está representado de manera implícita. Sin embargo, sobre la base de la filiación de estructuras anatómicas, biólogos será capaz de discernir intuitivamente dos tipos de relaciones. Además, deben ser capaces de realizar la mayoría de las preguntas relacionadas con la expresión del fenotipo y los datos que actualmente se prevé. Representación explícita de los dos tipos de relación podría ser una característica deseable de conocimientos avanzados para la representación y análisis computacional. Por otra parte, también podría introducir complejidades innecesarias a un biólogo, por ejemplo, porque muchas estructuras anatómicas tendrá a la vez espacial y funcional de las relaciones entre ellos. Blindaje al usuario de estas complejidades adicionales requerirá el desarrollo de software. Una evaluación cuidadosa de las ventajas y desventajas de ambos enfoques de la dirección de nuestro trabajo futuro en este ámbito.

Durante la construcción de la anatomía del ratón adulto DAG, tuvimos que tener en cuenta el hecho de que algunos términos que representan a los tejidos, lógicamente, el espacio se encuentra en numerosas partes de la ontología. Grupos de los tejidos que cumplan con estos criterios son: los vasos sanguíneos, hueso, tejido conectivo, músculo, nervio, de órganos y la piel, que se representan como términos en el sistema de órganos parte de la jerarquía. Para tener en cuenta la necesidad de representar en estos tejidos específicos de regiones del cuerpo, que encontramos módulos (descritos como bloques en la Figura 1] en representación de estos grupos genéricos. Estos se han incluido subterms como, en su caso, dentro de cada región espacial. Para normalización de la nomenclatura (más sobre esto más adelante), el subgrupo términos son precedidos de superestructura nombre, en forma nominal (es decir, el abdomen) y no como un adjetivo (por ejemplo, abdominal) siempre que sea posible.

Por consiguiente, utilizando el formato de DAG, hemos sido capaces de describir la anatomía del ratón adulto de una variedad de órganos y sistemas espaciales y perspectivas. Por ejemplo, el corazón (Figura 2] se representa como un tipo de órgano de la cavidad torácica, así como una subestructura del sistema cardiovascular. Como se verá más adelante, algunas de estas distinciones conceptuales y son, por su naturaleza, puede ser algo arbitrario. Sin embargo, la anotación de nuestro trabajo, sabemos que los distintos desgloses de la anatomía son necesarias para describir, por ejemplo, diferentes tipos de expresión y de fenotipo de datos. Cabe destacar que las mejoras de la organización jerárquica de la ontología se seguirán efectuando. Estos cambios no afectan a la identidad de los mismos términos.

Otra de las cuestiones en la construcción de la DAG fue el uso de es-un y parte-de las relaciones entre los términos. En general, la mayoría de las relaciones que podrían clasificarse de manera intuitiva, como parte de-, que indica que el plazo es un componente de la expresión más general por encima de ella en el árbol. Por ejemplo, la parte superior del cuerpo se considera como parte del cuerpo-, y el corazón es parte-del sistema cardiovascular. En cambio, es-a relaciones se usan para indicar que una expresión anatómica representa una instancia de la determinado tipo o clase de los indicados por concepto de su padre plazo. Por ejemplo, el sistema cardiovascular es de un órgano específico del sistema, mientras que el músculo cardíaco es de un tipo de músculo. Cabe señalar que no existe una correlación entre la es-un y parte-de las relaciones espaciales y la organización del sistema de órganos frente de la ontología, tal como se muestra en la Figura 2. Ulterior perfeccionamiento de las relaciones será, sin duda, necesario, así como otros tipos de relaciones. Por ejemplo, puede ser útil para distinguir entre «regionales» partes (por ejemplo, cabeza, cuello, extremidades) versus' sistémico 'partes (por ejemplo, el cuerpo del músculo, órgano, órgano de la piel). Estas modificaciones pueden ser fácilmente realizada utilizando la herramienta de DAG-Editar (véase la sección de software más abajo).

Nomenclatura consideraciones

Nuestra experiencia con el ratón ontología de desarrollo, así como una amplia revisión de la literatura, siempre que la base primordial de la Denominaciones de los que estaban empleados. Temprano en la construcción de la ontología, nos dimos cuenta de que la nomenclatura coherente, no sólo para un determinado término en sí, sino por términos relacionados y grupos de términos, sería un requisito fundamental. En consecuencia, siempre que sea posible, el mismo nombre fue utilizado para una determinada estructura anatómica o concepto en toda la ontología. Por ejemplo, hemos utilizado el término de pulmón en lugar de «pulmonar» preceden a cada uno de los términos que representan a pulmón subestructuras. Otra consideración considerarse la necesidad de distinguir claramente entre los términos. Teóricamente es posible definir con precisión anatómica plazo basada en una combinación de la expresión el nombre y linaje jerárquica del término. El término epitelio, por ejemplo, se representa como una subterm para muchas estructuras anatómicas, y un plazo preciso de la identidad puede definirse por su linaje paterno. Desde un punto de vista práctico, este convenio ha demostrado ser problemática; múltiples estructuras con el mismo nombre plazo sería imposible distinguir en ausencia de su contexto jerárquico. Esto se complica aún más por cualquier otra vía a un determinado plazo. Por ejemplo, el epitelio de los alvéolos pulmonares se representa como parte del alvéolo y como un tipo de epitelio pulmonar. Para resolver este problema, hemos tratado de proporcionar suficiente información en el plazo nombre (por ejemplo alveolo epitelio) para que se convierta en fácil de interpretar y utilizar la expresión inequívoca.

Otros factores que se consideraron fueron los requisitos de la DAG-Modificar el software (ver más abajo), así como la promoción de las características de identificación inequívoca de los términos. Adicional convenciones empleadas para la denominación de los términos anatómicos incluyen: estructura de los nombres van precedidos de superestructura nombres, en forma nominal; términos se utilizan de forma singular, siempre que sea posible, y todos los nombres plazo en el mismo nivel en la jerarquía están ordenados alfa-numéricamente, y Todos los caracteres están en minúsculas. Nomenclatura coherencia también facilitará las consultas a términos anatómicos específicos dentro de la ontología.

Problemas de software

Una ontología debe contener un nivel de detalle adecuado a los datos que se están clasificados y el nivel en el que las preguntas es probable que se realiza, al mismo tiempo, proporcionar la suficiente flexibilidad para permitir la actualización periódica sin necesidad de modificar significativamente las jerarquías. Por lo tanto, reconoció que el ratón adulto anatomía ontología requeriría un formato que es a la vez sólido y flexible, así como las herramientas para dar cabida a la necesidad de mantenimiento y actualización. El DAG-Editar herramienta desarrollada por la Ontología de Genes (GO) Consorcio proporciona una interfaz gráfica para manejar cualquier vocabulario que tiene una estructura de datos DAG, y ha sido utilizado por otros grupos para construir ontologías para una amplia gama de temas biológicos, incluido el GO [28] y de mamíferos Fenotipo ontología [29]. Hemos utilizado DAG-Editar tanto para la construcción de la anatomía ontología del ratón adulto y para el mantenimiento y edición. Además, el grupo de software de MGI ha desarrollado una serie de herramientas para la tramitación de una ontología DAG-formato, que permite la navegación a través de la ontología y de las consultas a lo que se refiere (véase más adelante), así como la integración de la ontología con otro tipo de información almacenada en la base de datos de MGI.

La situación actual y las futuras direcciones de los adultos Mouse Diccionario Anatómico

Hemos desarrollado una ontología que contiene más de 2400 términos única para proporcionar la nomenclatura normalizada para estructuras anatómicas en el postnatal ratón. El Diccionario de Adultos Mouse anatómica se puede acceder en el sitio web de MGI [30]. El archivo de la página de MGI (Figura 3] permite navegar a través de la ontología de dos maneras. Mostrando resultados en la pantalla de la disminución progresiva de los niveles en la jerarquía. La información sobre los términos, incluyendo su relación con otros términos de la jerarquía, se muestra en un 'término de la página ". Alternativamente, se puede buscar en la ontología la utilización de las «consultas» sobre el terreno, que acepta cualquier cadena de texto y la búsqueda de todos los términos en el vocabulario, incluidos los sinónimos, contienen la cadena. El resultado de los Resultados de consulta de la página "muestra todas las estructuras que coinciden con la consulta, y también proporciona enlaces a los correspondientes" del término de "la página. El ratón adulto anatomía ontología también se puede consultar y obtener en el sitio web OBO [31]. La ontología se pueden guardar en diferentes formatos, como GO planas y OBO formatos de archivo, así como XML / RDF y OWL.

Seguiremos ampliando y perfeccionando la de adultos Mouse Anatómico Diccionario en respuesta a fuentes adicionales de información, así como las necesidades de la comunidad científica. Como parte de la ontología del continuo desarrollo, tenemos previsto: ampliar la lista de términos, sobre la base de recursos adicionales a medida que estén disponibles; además editar las jerarquías cuando sea necesario, y proporcionar los nombres alternativos para términos como sinónimos. Un número limitado de sinónimos que ya han sido incluidas (por ejemplo, ver "del término de" la página de las extremidades en la Figura 3]. Se prevé que muchos más se sumarán, según sea necesario, que también ayuda en la consulta de términos específicos en la ontología. Definiciones precisas para cada uno de los términos también se incluirán, según corresponda. Finalmente, el ratón adulto anatomía ontología se fusionará con la de Anatomía Diccionario de ratón para generar un Desarrollo anatomía ontología que abarca todo el ciclo de vida de los ratones de laboratorio. La propuesta incluirá los esfuerzos derivados de la representación-de los tipos de relaciones de la vinculación de las estructuras anatómicas en posteriores etapas de desarrollo. Tales relaciones se permiten las consultas a progenitoras de tejidos y derivados. Estas asociaciones también permiten el análisis de los caminos de la diferenciación, y así aumentar la capacidad de estudiar los fenómenos biológicos que ocurren en el ratón.

Anatomía vocabularios se están desarrollando a otros organismos y ha habido interés en la integración de estas ontologías en algún nivel. Uno de esos esfuerzos es el proyecto XSPAN [32], que tiene por objeto apoyar la cruzada de especies interoperabilidad entre la anatomía de desarrollo de ontologías. En una escala diferente, Normas y Ontologías de genómica funcional (SOFG) [33] ha puesto en marcha un esfuerzo internacional para integrar ontologías de la anatomía humana y de ratón. Un reciente proyecto ha sido el desarrollo de la Lista de Entrada SOFG Anatomía (SAEL) [34], una lista de términos de uso común anatómicas que se verán directamente vinculado a varios de los principales ontologías anatomía, en particular los humanos y de ratón. Se prevé que esta lista sirva como un vocabulario controlado para describir baja resolución anatómica atributos de datos biológicos. Por ejemplo, los términos incluidos tener resolución suficiente para distinguir la mayoría de las muestras utilizadas para experimentos de microarrays. El Microarray datos de expresión de genes (MGED) ontología utilizará la SAEL anatómica para describir los atributos de los datos del ratón microarrays. El SAEL y la ontología MGED servirán también como puntos de acceso más amplio a los recursos anatómicos como la de adultos Mouse Diccionario Anatómico.

El Diccionario de Adultos Mouse anatómica se utilizará como un recurso para que la normalización y la integración de muchos tipos de información biológica pertinente postnatal ratón anatomía, incluidos los de expresión, proceso biológico, fenotipo y patología de datos. GXD actualmente utiliza términos de la ontología para anotar expresión de información en todos los postnatal etapas. Si bien los resultados son expresión anotada actualmente utilizando una versión abreviada, se está tratando de expresión mapa de datos directamente a la ampliación del ratón adulto anatomía ontología. GO proyecto curadores utilizan términos de la ontología para describir la anatomía del ratón conceptos anatómicos. La base de datos del genoma del ratón (lps) incorpora o asociados pertinentes términos de la anatomía de adultos en la ontología de mamíferos Fenotipo Ontología, que está siendo desarrollado para proporcionar a los términos estándar para describir datos fenotipo del ratón. Finalmente, la normalización de la anatomía términos se utilizarán para vincular directamente la expresión de genes y fenotipo anotaciones dentro de MGI a través de la anatomía. El ratón anatomía ontología se utiliza también para describir el fenotipo de los datos para el proyecto Eumorphia [35]. En Pathbase, una base de datos de ratón mutante patología [36], los atributos de las imágenes anatómicas para ratón mutante postnatal patología son codificados utilizando términos basado en el Diccionario de Adultos Mouse anatómica. Además, en la actualidad se está trabajando para incorporar el ratón adulto anatomía ontología en el Instituto Nacional del Cáncer (NCI) Report, una base de datos que contiene el trabajo NCI vocabularios utilizados en los sistemas de datos [37].

Anatomía es un importante integrador de biológicos. Como expresión de datos, muchos procesos biológicos y fenotípicas de las observaciones se refieren a estructuras anatómicas específicas. Hemos promovido con éxito la idea de que esos datos deben describirse con el mismo anatómica descriptores. En concreto, hemos demostrado que esto puede lograrse mediante la descripción de los tipos más complejos de la información biológica en forma modular mediante la combinación de términos de la ortogonal vocabularios [38]. La combinatoria enfoque tiene la ventaja de las actuales condiciones y las relaciones en la base de ontologías. Este enfoque está siendo utilizado por la mayoría de los recursos y los proyectos antes mencionados. El uso de términos anatómicos comunes permitirá una integración directa de expresión, el proceso biológico y fenotípica de datos en el ratón. Enlaces con la anatomía lo que se refiere, por ejemplo, permite visualizar tanto expresión de los datos y la información asociada con un fenotipo específico estructuras anatómicas en el diccionario anatómico navegador, como ya es el caso para el desarrollo de datos de expresión [23]. Además, este tipo de integración permitirá a consultas complejas que se correlacionan directamente expresión y fenotipo de datos. Por ejemplo, el sistema permitirá a las preguntas tales como "¿Qué ratón pantalla fenotipos mutantes en una determinada estructura anatómica?" Y "¿Cómo funciona la expresión de genes en esta estructura anatómica, o de precursores de esta estructura anatómica, difieren entre estos y los mutantes El tipo de animales salvajes? "Las respuestas a estos tipos de preguntas que incluye la promesa de proporcionar directa conocimientos sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la diferenciación y la enfermedad.

Agradecimientos

GXD es financiado por NIH HD33745 subvención. MM JC y el apoyo de becas postdoctorales F32 HD08435-01 y F32 HG00215-01. Los autores agradecen las aportaciones de la EMAP, en especial Richard Baldock, Jonathan Bard, Duncan Davidson y Matthew Kaufman. Agradecemos especialmente a David P. Hill para el ingreso en el desarrollo de la ontología, Harold Drabkin de asistencia y asesoramiento sobre el uso de la herramienta de edición DAG-, y Constanza Smith y Janice Ormsby para la lectura crítica del manuscrito. También damos las gracias a los colegas de todos los proyectos de MGI, por sus contribuciones a una comunidad integrada de los recursos.