BMC Psychiatry, 2005; 5: 23-23 (más artículos en esta revista)

No hay evidencia de asociación entre polimorfismos en GRM3 y la esquizofrenia

BioMed Central
Nadine Norton (nortonn@cf.ac.uk) [1], Hywel Williams J (williamshj1@cf.ac.uk) [1], Sarah Dwyer (dwyersl@cf.ac.uk) [1], Dobril Ivanov (ivanovdk1 @ Cf.ac.uk) [1], Anna C Preece (preeceac@Cardiff.ac.uk) [1], Amy Gerrish (gerrisha1@cf.ac.uk) [1], M Nigel Williams (williamsnm @ cf. Ac.uk) [1], Pamela Yerassimou (garethharcombe@hotmail.com) [1], Stanley Zammit (zammits@cf.ac.uk) [1], C Michael O'Donovan (odonovanmc@cf.ac.uk) [1], J Michael Owen (owenmj@cf.ac.uk) [1]
[1] Departamento de Medicina Psicológica, Gales, Facultad de Medicina, Edificio Henry Wellcome, la Universidad de Cardiff, Heath Park, Cardiff, Reino Unido

Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0], que permite el uso irrestricto, la distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que la obra original sea debidamente citada.

Resumen
Antecedentes

Tres estudios tienen datos de informes anteriores que fueron interpretadas por los autores como un apoyo de la asociación entre la esquizofrenia y los polimorfismos en el gen que codifica los receptores de glutamato metabotrópicos GRM3.

Métodos

En un intento de examinar esta hipótesis, se examinaron siete SNPs abarcan GRM3 Reino Unido en una muestra de casos y controles (n = esquizofrénico 674 casos, los controles n = 716). Estos incluyeron todos los SNPs se informó anteriormente de estar asociado, solo o en haplotipos, con esquizofrenia en la construcción europea o americana muestras Europea.

Resultados

Nuestros datos no mostró evidencia de asociación con los marcadores solo, o 2, 3, 4 y 5 haplotipos marcador, ni ninguna prueba para demostrar los haplotipos de asociación de acuerdo con las pautas observadas anteriormente.

Conclusión

El examen de nuestros propios datos y los de otros grupos que nos lleva a concluir que en la actualidad, GRM3 no debe ser considerado como un gen para que se replica pruebas de asociación con la esquizofrenia.

Antecedentes

El glutamato es el principal neurotransmisor excitatorio en el sistema nervioso central (SNC), donde sus efectos son mediados a través de un grupo diverso de a través de receptores ionotrópicos [N-metil-D-aspartato receptores (NMDA), alfa-amino-3-hidroxi-5-metil - 4-isoxazol propionato de los receptores (AMPA), kainato (KA) y delta] y ocho isoformas del receptor metabotrópico. Anormales de la transmisión glutamatérgica ha propuesto en la esquizofrenia, inicialmente a partir de la observación de que la exposición a antagonistas de los receptores NMDA como la fenciclidina (PCP) puede causar síntomas de la esquizofrenia [1, 2], y también las recaídas en pacientes con esquizofrenia [3]. Más recientemente, los agonistas de los receptores de glutamato metabotrópicos 2 y 3 (GRM2 y GRM3) han demostrado mejorar el comportamiento efectos adversos inducidos por fenciclidina en el ratón [4].

El GRM3 gen (GRM3) es, por tanto, un atractivo candidato gen de la esquizofrenia y ha habido varios informes de los estudios de asociación alélica en el examen de polimorfismos de este gen [5 - 8]. Estos hallazgos, sin embargo, no proporcionan pruebas concluyentes de asociación. Marti et al. [5], exhibió la codificación de los exones y de acompañamiento intronic secuencia de GRM3 de polimorfismos en 46 esquizofrénicos y 46 pacientes bipolares. Se identificaron tres variantes, una de las cuales (+1131 C> T, de ahora en adelante denominado rs2228595) reveló significativa (p = 0,002) para la prueba en una asociación alemana muestra de 265 esquizofrénicos y 227 controles, la conclusión de que no se reproducen en El mismo estudio, ya sea en caso de una segunda muestra de control o en una familia basada en la asociación de muestra, cada uno de ellos en caso de que también fue de origen alemán [5]. El segundo estudio de este gen se basó en la vinculación desequilibrio de baja densidad (LD) en un análisis japonés población [6]. Examinado SNPs de seis, uno, rs1468412, nominalmente se asoció significativamente con la esquizofrenia (p = 0,01). Una serie de 2 y 3 combinaciones de haplotipos marcador dado también apoyo a la asociación que fue sorprendentemente fuerte (mínimo global p ~ 0,001) dado el tamaño de la muestra era de sólo 100 casos de esquizofrénicos y 100 controles. En el tercer estudio [7], rs2228595, que mostraron un-repetirse las pruebas de aumento de la frecuencia del alelo T en el anterior estudio alemán [5] mostraron una tendencia de la asociación para el alelo C, (p = 0,08), en una muestra De los hermanos blancos americanos europeos, pero no en una segunda muestra de 67 blancos americanos europeos familias con uno o más hijos afectados, o en las dos muestras combinadas (616 transmisiones observados, 612 previstos). Análisis de las otras 6 SNPs reveló nominalmente pruebas significativas (p = 0,02, sin corregir) para la asociación entre un intronic SNP (hcV11245618, de ahora en adelante denominado rs6465084), en su primera muestra. Este hallazgo no repetir en la segunda muestra de raza caucásica, con alguna tendencia hacia la que el exceso de transmisión de la alelo contrario, ni un afroamericano en la muestra de 51 familias. Esta última muestra sin embargo dado pruebas de la asociación (p = 0,03) para el alelo en rs1468412 que fue significativamente sub-representadas en el anterior estudio japonés [6]. Análisis de haplotipos en sus caucásicos sib muestra reveló una serie de importantes relacionados con el marcador de 3 y 5 haplotipos (mínimo global p = 0,006) pero no la replicación de datos se presentaron y es difícil determinar a partir de la información presentada en qué medida estos resultados se puede esperar por Oportunidad.

En el estudio más reciente, el 7 de SNPs se examinaron en 752 chinos han casos y controles [8]. De los SNPs se informó anteriormente a asociarse, solamente se rs1468412 genotipo en este estudio, pero esto no reveló pruebas de la asociación. Sin embargo, rs2299225 (que no ha sido en ningún otro genotipo publicado datos) nominalmente dado pruebas significativas (p = 0,03, sin corregir), así como un marcador de 3 haplotipos (global p = 0,0017). El examen de los datos sugieren que este último análisis, la asociación refleja esencialmente en el único locus (rs2299225 frecuencias de los alelos de riesgo = 6,3% de los casos, el 4,5% en los controles; frecuencia de tres haplotipos marcador de riesgo en los casos = 6,2% en los casos, el 4% En los controles), y el extra "globales" puede tener importancia el resultado de la utilización de una prueba estadística que no permite ningún error en la estimación de las frecuencias de haplotipos.

La hipótesis de que este gen puede influir en la susceptibilidad esquizofrenia ha ganado una moneda de la observación de que homozygosity para uno de los alelos de un SNP en GRM3 se asocia con determinados aspectos de la cognición [7] que se han propuesto como intermediarios fenotipos de la enfermedad. Además, en ese estudio, de la misma homozygosity SNP también se asoció in vivo con los índices más bajos de la neurotransmisión sináptica y glutamatatergic función determinada por neuroimagen, y también en el post-mortem del cerebro por la disminución de la expresión del transportador de glutamato EAAT2 gliales.

Así, la prueba genética a favor de GRM3 es ambigua en la actualidad. ¿Qué es, sin embargo, muy claro de dos de los estudios [6, 7] es que es necesario invocar la heterogeneidad genética (de las pautas de LD y / o susceptibilidad de los alelos de por sí) con respecto a la etnia si los datos existentes son Debe interpretarse como un apoyo a las GRM3 como un verdadero gen de susceptibilidad para la esquizofrenia. Por lo tanto, en un intento por tratar de ofrecer apoyo a GRM3 como un gen de susceptibilidad para la esquizofrenia, que se han centrado en los haplotipos de polimorfismos y que han proporcionado importantes pruebas en las muestras de raza caucásica. Hemos escrito la importancia SNP muestra en una de las muestras originales alemanes [5], así como los SNPs informó por Egan y colegas [7], en un gran base en el Reino Unido caso de control de la muestra de 674 casos y 716 controles.

Métodos
Temas

Todos los temas de casos y controles utilizados en este estudio fueron ajenos los caucásicos nacidos en el Reino Unido o Irlanda. Todos los casos cumplen criterios DSM-IV para la esquizofrenia. Consenso diagnósticos fueron realizados por dos calificadores de toda la información disponible a raíz de una entrevista semi-estructurada, SCAN o PSE [9, 10], y el examen de las notas de casos. Los casos consistió de 456 hombres y 218 mujeres, edad media a la recogida de 44,5 ± 14,6 años, mientras que el control consistió en 482 hombres y 234 mujeres, edad media a la recogida de 41,5 años ± 11,5 años. Control de las personas del grupo se corresponden con los casos por edad, sexo, origen étnico y de más de 1400 donantes de sangre de contratación de la Servicio Nacional de Transfusión de Sangre. Los individuos en la medicación no se les permite donar sangre en el Reino Unido ni se les remunera incluso en el caso de los gastos. Así, a diferencia de algunos países, la donación de sangre en el Reino Unido es por completo una altruista proceso que no tiende a enriquecer para indigentes, o las personas con psicosis o abuso de sustancias. Los donantes no se hacen pruebas de la ausencia de enfermedades psiquiátricas, ya que esto no afecta a la facultad cuando tiene una enfermedad a la población la prevalencia de la esquizofrenia [11]. Multicéntrico Local y la aprobación del Comité de Ética de la Investigación se ha obtenido, y todos los temas, los dos casos y controles, dieron su consentimiento informado por escrito para participar.

Genotipificación

Todos los SNPs se genotipo Sequenom utilizando el sistema MassARRAY ™ según las instrucciones del fabricante. Diseño y ensayo de PCR condiciones están disponibles a petición. Todos los ensayos fueron optimizados inicialmente por genotipificación de ADN a partir del 30 de CEPH descendencia de padres y tríos de 21 familias (Utah residentes con ancestros del norte y el oeste de Europa), como se detalla en el proyecto hapmap internacional [12]. 46 de estas muestras de ADN fueron re-genotipo junto con la muestra de casos y controles para proporcionar una medida de la precisión de genotipos. Todos los genotipos fueron llamados ciegos muestra a la identidad y la condición de afectados.

Análisis estadístico

Todos los valores de p son dos de cola. Las pruebas genotípicas y alélicas de asociación se han realizado utilizando tablas de contingencia. Se realizaron análisis de haplotipos utilizando el algoritmo EM y una permutación de prueba tal como se aplican en el programa más EH [13]. Enlace desequilibrio valores se calcularon utilizando la ldmax programa en el software GOLD [14].

Resultados

Alelo frecuencias para todos los SNPs y haplotipos frecuencias son similares a las reportadas previamente en una muestra de raza caucásica [7]. Todos los marcadores están en equilibrio de Hardy-Weinberg en ambos casos y los controles. Doble genotipificación de 46 CEPH autoridades nacionales designadas para todas las marcas dieron el 100% de concordancia (un total de 312 genotipos). Genotipo se dispone de datos a partir de la base de datos Hapmap para rs917071 y rs1468412. Los genotipos obtenidos para que estas personas fueron idénticos a los del Hapmap base de datos. No se observaron diferencias significativas, alélica o genotípicas, se observaron entre los casos y controles por cualquier marcador, incluso sin pruebas para múltiples (cuadro 1]. La única conclusión importante fue acercando nominal de marcador rs187993 que arrojó una genotípica valor de p de 0.06 (2df). N º 2, 3, 4 o 5 haplotipos marcador dado pruebas de la asociación (datos no presentados), ni ninguno de los 3 y 5 haplotipos marcador como importantes por Egan et al., [7] en virtud de pruebas específicas 1df (cuadro 2 ).

Alelo frecuencias y vinculación de datos para el desequilibrio CEPH familias fueron similares a los obtenidos para los casos y los controles. Las relaciones entre los marcadores LD figuran en el cuadro 3.

Discusión

Hemos tratado de reproducir los resultados específicos de la asociación entre la esquizofrenia y en GRM3 Europea y europeo-americana utilizando muestras de una gran base en el Reino Unido muestra de casos y controles. Sin embargo, nuestros datos muestran que no existe un apoyo a la asociación entre los marcadores o cualquier haplotipos que se representa ni a la réplica o, de hecho, novela conclusiones de la asociación. Con respecto a los marcadores específicos de interés a partir de trabajos anteriores, marcador rs2228595 [5] mostró un alelo casi idéntica frecuencia en los casos y controles, con un ligero exceso (menos de 0,5%) de los menores en los casos alelo T. Por lo tanto, nuestros datos son congruentes con el conjunto combinado de datos en el trabajo de Martí y colegas [5], y también el seguimiento del estudio Egan y colegas [7], y no apoyan la hipótesis de que este alelo se asocia con la esquizofrenia. Al igual que Egan y colegas [7], y no teniendo en cuenta la heterogeneidad étnica postula en este lugar, también podría no repetir la asociación entre la esquizofrenia y rs1468412 previamente en la muestra japonesa [6]. Sin embargo, en contraste con la muestra de Egan hermanos y colegas [7], pero similar a la de su familia de la muestra, encontramos un ligero exceso (0,6%) de los principales rs6465084 alelo de los controles en lugar de en los casos. Nuestro análisis de haplotipos no más de apoyo de las conclusiones de Egan y colegas que nuestro análisis solo lugar. El único haplotipo específico como asociado en que se realizó el estudio que se acercó importancia en nuestra muestra (p = 0,09 nominal, 1df) fue el 211 de haplotipos construidos desde rs187993, rs13242038 y rs917071. Sin embargo, en contraste con la labor anterior, encontramos que esto es más común en el control de los casos.

Hay numerosas razones por las que en el rostro de una verdadera asociación en las diferentes muestras, los distintos marcadores y haplotipos podría estar asociado con una enfermedad [15] y, por tanto, no debe ser en sí misma una de las principales preocupaciones de que los datos relativos a GRM3 seguir esa pauta. Sin embargo, debemos permanecer alerta, no obstante, a la carga de la ciencia está el rechazo de la hipótesis nula, y, en la cara de confusión de los patrones de asociación que puede ser explicable por la heterogeneidad, deben tener criterios explícitos de lo que constituye la réplica. Un enfoque de sentido común que es la réplica exacta de un alelo o haplotipo en virtud de los niveles convencionales de significación (p <0,05) puede considerarse como la repetición, con la salvedad de que si son varias las hipótesis específicas a prueba, esto es permitido. No hay dos estudios de GRM3 satisfacer este criterio para la replicación. En nuestro estudio, que prevé que rs6465084 sería el más probable marcador para repetir en nuestra muestra. Aunque sólo asociado a la condición de afectados de una de las dos muestras de raza caucásica en el estudio de Egan y colegas, [7] este marcador independiente mostró evidencia de asociación con medidas de la expresión génica del transportador de glutamato en el post-mortem de muestras y neuro-con índices de la base de imágenes En la funcionalidad de los controles. Esto nos sugiere que si los resultados no se debe al azar, que podrían generalizar más allá del grupo específico de los casos denunciados en que se realizó el estudio. Lamentablemente, nuestro estudio no proporciona apoyo a esa predicción.

Como alternativa, en presencia de heterogeneidad, cualquier estudio de la presentación de informes a la asociación de los marcadores o haplotipos novela puede considerarse importante para proporcionar replicación siempre adecuadamente permite el análisis (que no es lo mismo que la corrección de Bonferroni) para múltiples pruebas. Teniendo en cuenta el número de marcadores es posible en la actualidad para probar en un gen, el hecho de no exigir este conducirá inevitablemente a la acumulación de estudios con nominalmente importantes en la prueba de ciertos marcadores o haplotipos. No está claro que cualquier dos de los estudios mencionados se pueden considerar para proporcionar convincentes modo independiente, pruebas de asociación que se reunirá este criterio, por cierto, no la nuestra. Por lo tanto, incluso en ausencia de nuestros propios datos, no estamos de acuerdo con la propuesta [16] de que las pruebas de GRM3 reúne los criterios para pruebas importantes para la asociación se propone en un meta-análisis de estudios de asociación con variantes comunes [17]. Sin embargo, estamos de acuerdo con los sentimientos de Lohmueller et al. [17], cuyo trabajo fue publicado "a la luz de la aparentemente alta proporción de falsos positivos en la literatura", y que insta a la publicación de grandes estudios y resultados negativos.

Si bien los datos actuales relativos a GRM3 no permiten el rechazo de la hipótesis nula, que son insuficientes para excluir la posibilidad de GRM3 como un verdadero gen de susceptibilidad para la esquizofrenia. GRM3 abarca 221 kb y en toda esta región, el nivel de vinculación a través de desequilibrio es GRM3 Moderada (cuadro 3]. La generación actual de los datos de los Hapmap incluye 63 SNPs informativos de los que sólo 28 son redundantes utilizando uno de los métodos de uso común [18]. Por lo tanto, no parece que ninguno de los anteriores estudios, incluido el nuestro, extraer una alta proporción de la información genética pertinente a GRM3. Si los datos disponibles sugieren que este tipo de estudios es de suficiente prioridad para justificar iniciando lo que es todavía para la mayoría, incluidos nosotros, un costoso esfuerzo y el tiempo que es claramente un asunto de los investigadores individuales. En nuestra opinión no es así. Sin embargo, los futuros intentos de replicación se vería facilitado si se este desafío que deben abordarse por uno o varios de los grupos con los datos que ellos mismos consideran que es convincente.

Conclusión

En un intento de tratar de proporcionar apoyo a GRM3 como un gen de susceptibilidad para la esquizofrenia, hemos genotipo los polimorfismos que han aportado importantes pruebas en las muestras de raza caucásica en una gran base en el Reino Unido caso muestra de control. Nuestros datos no apoyan la hipótesis de que la variación en GRM3 se asocia con la esquizofrenia. Sin embargo, dado el moderado nivel de vinculación desequilibrio a través de este gen, tanto en el presente estudio y otros datos actuales no son suficientes para descartar la posibilidad de que GRM3 es un verdadero gen de susceptibilidad para la esquizofrenia. Para ello será necesario que los estudios extraer una mayor proporción de los datos genéticos de GRM3.

Conflicto de intereses

Los autores declaran que no tienen intereses en conflicto.

Contribuciones de los autores

NN, HW, SD, DI, ACP, AG realizaron ensayos de laboratorio. NN realizó el análisis de datos y redactó el manuscrito. NW participado en el diseño del estudio y su coordinación. PY realizó diagnóstico fenotípico. SZ realizó una recogida de muestras y diagnóstico fenotípico. MOD MJO y participó en el diseño del estudio, la interpretación de los datos, y redacción del manuscrito. Todos los autores leído y aprobado el manuscrito final.

Historia previa a la publicación

La historia previa a la publicación de este documento puede accederse en:

Agradecimientos

Este trabajo fue apoyado por el MRC (Reino Unido).