Plant Methods, 2006; 2: 1-1 (más artículos en esta revista)

MIAME / Planta - añadir valor a la planta microarrray experimentos

BioMed Central
Philip Zimmermann (phz@ethz.ch) [1], Beatrice Schildknecht (beatrice@arabidopsis.info) [2], David Craigon (david@arabidopsis.info) [2], Margarita García-Hernández (garcia@acoma.Stanford. EDU) [3], Wilhelm Gruissem (wilhelm.gruissem @ ipw.biol.ethz.ch) [1], Sean May (sean@arabidopsis.info) [2], Gaurab Mukherjee () [gaurab@ebi.ac.uk 4], Helen Parkinson (parkinson@ebi.ac.uk) [4], Rhee Seung (rhee@acoma.stanford.edu), Ulrich Wagner (ulrich.wagner @ fgcz.unizh.ch) [1], Lars Hennig ( Lhennig@ethz.ch) [1]
[1] Swiss Federal Institute of Technology – ETH Zurich, ETH Center, CH-8092 Zurich, Switzerland
[2] El Nottingham Arabidopsis Stock Center (CINA), de la División de Ciencias de Plantas de la Universidad de Nottingham, Sutton Bonington LE12 5RD, UK
[3] El Arabidopsis Information Resource (TAIR), la Carnegie Institution de Washington, 260 St Panamá, Stanford, CA 94305, EE.UU.
[4] Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), el Instituto Europeo de Bioinformática, EMBL exterior, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, Reino Unido

Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0], que permite el uso irrestricto, la distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que la obra original sea debidamente citada.

Resumen

Biológicos adecuados interpretación de los microarrays llamadas de datos experimentales pertinentes para anotación. La amplia aceptación MIAME directrices constituyen un genérico, organismo independiente del estándar mínimo de información sobre experimentos con microarrays. En su estructura general, MIAME es muy general y especificaciones cubren la mayoría de los aspectos técnicos, en tanto que organismo correspondiente específicos de información útil para comprender los experimentos es en gran parte desaparecidas. Si planta biólogos desea utilizar los resultados de experimentos de microarrays publicado, que necesitan información detallada acerca de los aspectos biológicos, como las condiciones de crecimiento, la recolección o cosecha de órganos de tiempo (s). En este sentido, proponemos MIAME / Plant, una norma que describe los detalles biológicos a los que se capturaron para la descripción de los experimentos con microarrays plantas. Esperamos que un análisis más detallado y más sistemático de anotación de experimentos de microarrays para incrementar el uso de transcriptome conjuntos de datos para la comunidad científica. El poder y el valor de anotación sistemática de los datos de microarrays es demostrado por los datos, tales como almacenes o Genevestigator ® NASCArrays, experimental y mejor anotación hará que estas aplicaciones aún más potentes.

Tecnologías de alto rendimiento son rápidamente la reestructuración de la planta de investigación del paisaje. Microarrays de expresión génica, en particular, han tenido un impacto en nuestra manera de pensar y nuestros conceptos cuestionado sobre la investigación mediante el suministro de todo el genoma de los resultados a un ritmo creciente. Una reciente búsqueda en PubMed con los términos "microarrays" y "planta" arrojó más de 600 referencias, la mayoría de los cuales informe de los resultados obtenidos mediante la tecnología del ARN de perfiles. Una gran parte de los datos publicados se pueden obtener a través de los repositorios, como suplementos de las publicaciones científicas, o de los autores directamente. Experimento anotación precisa, sin embargo, que es fácilmente accesible y adecuado para las comparaciones, la reproducción y / o correcta interpretación de los experimentos no siempre está plenamente disponible. De hecho, los términos estándar para describir las condiciones para experimentos de microarrays de plantas hasta el momento no se han definido. Si bien los detalles técnicos de un experimento de microarrays son por lo general abundantes, los detalles biológicos son frecuentemente mal descrito, poco sistemática entre los laboratorios, o incluso desaparecidos.

MIAME (Mínimo de Información Acerca de una Microarray Experiment) es un estándar que proporciona un marco conceptual para la información clave para capturar los de la mayoría de los experimentos de microarrays [1]. El microarray de la comunidad ha sido muy favorable para el establecimiento y la aplicación de esta norma. Fabricantes, desarrolladores de software y bases de datos internacionales han contribuido a la elaboración y adopción de las directrices MIAME. Muchos experimentos de microarrays de presentación de informes científicos ahora usan este estándar, que es requerido por un número cada vez mayor de las revistas científicas.

El MIAME norma ha resultado muy útil hasta ahora. Los datos de los repositorios se pueden agrupar de acuerdo a una serie de categorías con respecto a la plataforma tecnológica, el etiquetado y los procedimientos de hibridación, la medición de datos, diseño y variedad. Sin embargo, las descripciones experimento sigue siendo insatisfactoria para muchos investigadores de las bases de datos de navegación, ya que el uso de un denominador común para todas las ciencias biológicas hace una anotación de pleno especializados a nivel de la comunidad de investigación difícil.

Concretamente, el núcleo MIAME norma se limita en su capacidad para capturar información específica de dominio en el diseño experimental y la preparación de muestras. Los lectores de las publicaciones que describen experimentos con microarrays de plantas no son sólo interesados en la hibridación o protocolos de normalización, pero también por ejemplo, si las plantas son cultivadas a altas o bajas condiciones de luz, en el suelo o in vitro, o el que los órganos que lo cosechado en la edad de dominio etc - Extensiones específicas de la actual norma general MIAME se necesitan para reunir experimental anotación de una forma estructurada. MIAME / Plant, MIAME / Env y MIAME / Tox son tales extensiones [2 - 4].

En la planta de la ciencia, la utilización de la terminología de referencia para las etapas de crecimiento [5] y de los órganos de plantas [6] hasta la fecha ha permitido a la vanguardia del desarrollo de las herramientas de gran alcance para el almacenamiento de datos y análisis [7 - 9]. El rápido aumento del número de estudios sobre plantas de microarrays, junto con la perspectiva de datos de consulta eficaz por anotación de parámetros experimentales utilizando vocabularios controlados, que ahora requiere de una planta específica de MIAME estándar. El objetivo de MIAME / Planta es facilitar y normalizar experimento y muestra las anotaciones (Figura 1]. Esto hará que la navegación anotación y análisis de datos mucho más fácil para los usuarios finales, incluidos los biólogos experimentales. Más concretamente, MIAME / Planta incorpora el núcleo MIAME estándar junto con un guía para el diseño experimental y descripción de la preparación de muestras y protocolos (véanse cuadros 1 y 2 para más detalles). El curso completo MIAME / Planta directrices se pueden descargar desde la Microarray Sociedad de datos de expresión de genes, de la Nottingham Arabidopsis Stock Center y de la Arabidopsis sitios web de recursos de información [10 - 12]. Actualmente, MIAME / Planta se está aplicando en repositorios internacionales [13], y fácil de utilizar herramientas sirvan para fomentar el establecimiento de estas directrices en la planta de la comunidad.

La aplicación de MIAME / Planta no debe crear una carga extra para el experimentador, pero permitirá un flujo de trabajo orientado a través de la anotación proceso que se ve facilitado por formularios de entrada de datos estructurados. Si bien todos los experimentos deberán atenerse a MIAME, no para hacer cumplir proponer que cada experimento debe ser anotada a la plena detalle de MIAME / Plant. En lugar de ello, los laboratorios que decidan recoger información adicional se anima a seguir el MIAME / Planta de régimen. Sistemática y controlada anotación generará avances en las capacidades de minería de datos, y, por lo tanto, alentamos a la planta de la comunidad para adoptar el MIAME / Planta estándar. Esperamos que los beneficios del dominio de las extensiones específicas de MIAME también motivar a los investigadores en otros campos para desarrollar mejor las normas de la comunidad.