BMC Cell Biology, 2006; 7: 18-18 (más artículos en esta revista)

Un nuevo estándar de nomenclatura de las proteínas relacionadas con Apx y Shroom

BioMed Central
Olivier Hagens (hagens@molgen.mpg.de) [1], Andrea Ballabio (ballabio@tigem.it) [2], Kalscheuer Vera (kalscheu@molgen.mpg.de) [1], Jean-Pierre Kraehenbuhl (Jean - Pierre.Kraehenbuhl @ isrec.ch) [3], M Vittoria Schiaffino (schiaffino.mariavittoria @ hsr.it) [4], Peter Smith (Smith@PHYSIOLOGY.UAB.EDU) [5], Olivier Staub (olivier.staub @ Unil.ch) [6], Jeff Hildebrand (jeffh + @ pitt.edu) [7], John B Wallingford (wallingford@mail.utexas.edu) [8]
[1] Departamento de Genética Molecular Humana, Instituto Max Planck de Genética Molecular de Berlín, Alemania
[2] Instituto Telethon de Genética y Medicina de Nápoles, Italia
[3] Instituto Suizo para la Investigación Experimental del Cáncer y el Instituto de Bioquímica de la Universidad de Lausanne, Lausanne, Suiza
[4] Departamento de Biotecnología, Instituto Científico San Raffaele, Milán, Italia
[5] Departamento de Fisiología y Biofísica de la Universidad de Alabama en Birmingham, Birmingham, AL, EE.UU.
[6] Departamento de Farmacología y Toxicología de la Universidad de Lausanne, Lausanne, Suiza
[7] Departamento de Ciencias Biológicas, Universidad de Pittsburgh, Pittsburgh, PA, EE.UU.
[8] Molecular Departamento de Biología Celular y del Desarrollo y del Instituto de Biología Celular y Molecular, Universidad de Texas, Austin, TX, EE.UU.

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Resumen

Shroom es un recientemente descrito regulador de la célula cambios en la forma en el desarrollo del sistema nervioso. Esta proteína es un miembro de una pequeña familia de las proteínas relacionadas que se definen por similitud de secuencia y en la mayoría de los casos por algún vínculo con el citoesqueleto de actina. En la actualidad, estas proteínas se denominan Shroom, APX, APXL, y KIAA1202. A la luz de la creciente interés en esta familia de proteínas, se propone aquí una nueva nomenclatura normalizada.

En 1992, la estructura primaria de una proteína apical apical en Xenopus Xenopus (Apx) fue descrita [1]. Desde entonces, tres relacionados con las proteínas se han caracterizado, es decir, la APXL proteínas humanas (apical apical proteína-proteína como Xenopus Xenopus) [2] y KIAA1202 [3] y el ratón Shroom [4], con el nombre del ratón fenotipo mutante. Ahora sabemos que la proteína de Xenopus Apx no es, de hecho, la orthologue de APXL humanos. En lugar de ello, la proteína humana anteriormente llamado APXL2 es probable homólogo de la rana Apx, mientras APXL humanos es el homólogo de un probable Xenopus APXL. En esta carta, informe de una nueva nomenclatura normalizada para eliminar la confusión de nomenclatura actual situación de estas proteínas (Cuadro 1].

Desde mundial múltiples alineaciones de secuencias genómicas, es evidente que estos no son simplemente las proteínas codificadas por los genes homólogos. Hay, de hecho, en cuatro diferentes proteínas de esta familia, que muestra similitud en sus dominios (Cuadro 2], que incluyen un PDZ y dos Apx Apx / Shrm Shrm dominios dominios (ASD1 y ASD2) y putativo EVH1 y sitios de unión PDZ [4]. Cabe señalar, sin embargo, que carece de la Apx dominio PDZ y el sitio de unión EVH1, APXL carece de un sitio de unión PDZ y KIAA1202 no contiene un claro dominio ASD1. Por lo tanto, el dominio ASD2 parece ser el común denominador entre los miembros de la familia.

Bioinformática basado en búsquedas identificaron Shroom relacionados con las proteínas en todos los cordados examinados. Además, los genomas de insectos, incluyendo Drosophila melanogaster, y el Anopheles gambiae, Apis mellifera, codificar un parcial de proteínas relacionadas con el dominio que contiene una ASD2 (Tabla 1]. Por último, las búsquedas BLAST de las secuencias de invertebrados depositado genoma determinar qué proyectos pueden ser considerados Shroom orthologues en ambos Ciona intestinalis (datos no presentados) y Strongylocentrotus purpuratus (Tabla 1]. Sobre la base de los marcos de lectura abierta putativo y organización genómica, predijo estas proteínas contienen, por lo menos, el N-terminal de PDZ y el dominio C-terminal coloca ASD2 motivo.

Para aclarar futuros estudios, proponemos una unificación de la nomenclatura, haciendo hincapié en la relación de esas proteínas (Cuadro 1]. Creemos que mientras que el miembro fundador es Apx, este nombre no es deseable, como para la asignación de nombres raíz esta familia, ya que exige que "Xenopus" aparecería en proteínas nombres de todas las especies. En lugar de ello, proponemos que la nueva nomenclatura se basa en el nombre 'Shroom' como este es ahora el más estudiado miembro de la familia [4 - 6]. Un número siguiente árabe 'Shroom' permitiría distinguir entre las diferentes proteínas. Una letra minúscula se distingue entre los diferentes productos de la proteína codificada por el mismo lugar geométrico generado por el procesamiento alternativo del mRNA. De acuerdo con estas normas, le sugerimos que vuelva a nombrar a los presentados en el Cuadro 1.

Varios documentos indican que estas proteínas relacionadas con diversas y desempeñar un importante papel en el desarrollo del sistema nervioso y otros tejidos [2 - 8]. Futuros estudios serán necesarios para demostrar si la similitud de secuencias de proteínas entre Shroom miembros de la familia se refleja en la conservación de su función celular y molecular.